fix(config): mark app.json dirty on any change, even one later reverted

PLAN 4.3 writes app.json when the session modified a setting. The store
compared the live configuration with the loaded one instead, so a setting
changed and changed back was never written. Each section now records a
dirty flag in its setters; assigning the current value is not a change and
the load-time field fallbacks are cleared after reading.

docs/ACCEPTANCE.md

@@ -41,6 +41,7 @@
 
 - [ ] 同时打开两个实例（不同工作区）。实例 1 改排序，实例 2 改列宽；先关实例 1、后关实例 2 → `app.json` 为实例 2 的完整设置（后退出者覆盖，实例 1 的排序改动丢失——已接受）
 - [ ] 打开两个实例，只在实例 1 改设置；先关实例 1，再关**未改过设置**的实例 2 → `app.json` 保持实例 1 写入的内容（未改设置的实例不写盘）
+- [ ] 删除 `app.json`，打开设置、不改任何项直接确认后退出 → `app.json` 不被创建；改一项再改回原值后退出 → `app.json` 被写出（脏标记按"改动过"判定）
 - [ ] 处于错误页（例如参数错误页）的实例退出时不写 `app.json`（可先删除 `app.json`，退出后确认文件未被创建）
 - [ ] `app.json` 写成非法 JSON → 启动正常、使用默认值，生成 `app.json.bak`；改一次设置退出后 `app.json` 恢复为合法内容
 - [ ] `app.json` 中单个字段非法（如 `"theme": "pink"`、列宽 `"custom-pixels": 9999`）→ 仅该字段回退默认，其余设置保留，不生成 `.bak`